la gran mayoria de muertes embrionarias se deben a infecciones bacterianas, e coli o salmonellas suelen ser las causantes, padres portadores que no manifiestan la enfermedad pero la transmiten al embrion.
como ya tienes la certeza de que mueren en el huevo, es tratar a todas las parejas con enrofloxacina, es un antibiotico de amplio espectro, 5 gotas en el bebedero durante una semana, despues complejo vitaminico AD3E y vitaminas de el grupo B
ni que decir que la limpieza tiene que ser extrema y donde tengas los pajaros tiene que tener una buena ventilacion, la mayoria de estas bacterias se propagan por el aire, mediante las heces.